Кардинальное отличие ОС «Атлант» от других операционных систем заключается в новой технологии сборки ОС на стороне конечного устройства (АРМ, сервер) — каскадно-монтируемая файловая сборка «слоев» — «layers». Данная технология запатентована и предоставляет возможность централизованно управлять сетью АРМ с любого устройства с помощью веб-интерфейса.